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Hace seis años, Kamui Shirou y los hermanos Fuuma y Kotori Monou eran amigos inseparables. Tras la repentina y brutal muerte de la madre de los Monou, la madre de Kamui se lo llevó de Tokio. Durante los años siguientes, vivieron en paz mientras Kamui perfeccionaba sus habilidades telequinéticas innatas. Al fallecer su madre en 1999, su último deseo lo impulsa a regresar a Tokio para enfrentar su "destino".

Al reaparecer en la ciudad, Kamui ha cambiado drásticamente, mostrando el crecimiento de sus poderes a través de violentos enfrentamientos. Diversos oponentes lo buscan preguntando si es "Kamui", pero parecen exigir algo mucho más importante que su nombre. Estos luchadores representan dos facciones opuestas: los Dragones del Cielo y los Dragones de la Tierra, quienes desean reclutarlo para su causa.

Reuniendo las pistas sobre el apocalíptico "día prometido", Kamui comprende que el destino del mundo está en sus manos. Dependiendo del grupo de Dragones al que se una, podrá elegir entre salvar el mundo o destruirlo.