Mother of the Goddess' Dormitory

La vida de Koushi Nagumo, un chico de doce años, da un giro inesperado cuando su padre lo abandona y su casa se incendia. Desamparado, Koushi se derrumba en la calle, pero una peculiar mujer llamada Mineru Wachi se compadece de él y lo lleva al "Megami-ryou", un dormitorio femenino.

Mineru, quien es la encargada temporal, se entera de la difícil situación de Koushi y le propone un trato: convertirse en el nuevo "madre" del dormitorio. Lo que no imagina Koushi es que las residentes del Megami-ryou son un grupo de chicas excéntricas y llenas de peculiaridades. Está Atena Saotome, quien teme a los hombres pero tiene un corazón tierno; Kiriya Senshou, una marimacha de apariencia femenina; y la propia Mineru, cuya pasión por la ciencia la lleva a cometer locuras sin límites. A pesar de todo, Koushi se esfuerza por adaptarse y cumplir con las responsabilidades de su nueva y caótica vida.