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Haruka Nanase siente una profunda conexión con el agua y una pasión inigualable por la natación. En su infancia, junto a sus amigos Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki y Makoto Tachibana, experimentó la gloria de ganar una carrera de relevos. Sin embargo, tras esa victoria, sus caminos se separaron. Años después, el destino los reúne en la preparatoria, pero Rin ha cambiado. Ya no comparte el mismo entusiasmo por revivir viejos tiempos y su único objetivo es demostrar que es un nadador superior a Haruka.

Tras este reencuentro agridulce, Haruka, Nagisa y Makoto deciden fundar el Club de Natación de la Preparatoria Iwatobi. Para poder participar en el próximo torneo, necesitan un cuarto integrante. Es entonces cuando aparece Rei Ryuugazaki, un exmiembro del equipo de atletismo, a quien Nagisa convence para unirse. Mientras la competencia se acerca, los cuatro jóvenes forjan lazos inquebrantables a través de entrenamientos extenuantes, con la meta de alcanzar la victoria y, de una vez por todas, resolver la rivalidad entre Haruka y Rin.