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En la ancestral batalla entre los Dragones del Cielo y los Dragones de la Tierra, la vidente Princesa Hinoto predice el inminente fin de la humanidad. El destino recae sobre Kamui Shirou, un joven de 15 años, quien deberá elegir entre unirse a los Dragones de la Tierra para sacrificar la civilización en aras del planeta, o aliarse con los Dragones del Cielo para salvar a la especie humana.

Cumpliendo la última voluntad de su madre, Kamui regresa a Tokio tras seis años de exilio autoimpuesto. Su objetivo es robar la Espada Sagrada del templo custodiado por Kyougo Monou, padre de sus amigos de la infancia, Fuuma y Kotori. Sin embargo, su intento fracasa y un misterioso individuo se hace con la codiciada arma.

Convencida de que Kamui es el elegido de su profecía, Hinoto envía a los Dragones del Cielo para convencerlo de unirse a su causa. A pesar de su inicial rechazo al destino que le aguarda, los constantes ataques de los Dragones de la Tierra contra sus seres queridos lo obligan a tomar una decisión crucial: ¿prevalecerán las vidas de sus amigos sobre el destino de la Tierra?